O mito da neutralidade religiosa oferece uma reinterpretação radical das relações gerais entre religião, filosofia e ciência. Seu autor defende que as teorias científicas e filosóficas possuem inescapavelmente pressuposições religiosas que as controlam e regulam. Além disso, ao lançar as bases de sua argumentação para essa reinterpretação, Roy A. Clouser também sustenta que há uma perspectiva distintamente bíblica para a teorização que deveria ser adotada por aqueles que creem em Deus.

Após definir a crença religiosa, o estudo de Clouser examina elementos-chave em toda teorização e distingue alguns tipos importantes de teorias. O livro analisa as ideias mais populares de como a crença religiosa e as teorias supostamente se relacionam, esclarecendo, em seguida, como a crença religiosa efetivamente exerce sua influência sobre as teorias.